在使用恒温水槽之前，需要进行一系列的准备工作。首先，要检查电源电压是否稳定，确保符合恒温水槽的要求，这就好比为设备提供稳定的 “能量来源”。同时，查看水槽的外观是否有损坏，各部件是否齐全且连接牢固。接着，用万用表检测开关、插头等地方是否有短路、绝缘不良等线路问题，保证用电安全。
将液体介质注入水槽内是关键的一步。一般情况下，常用的液体介质是蒸馏水，如果有特殊实验要求，可按照相应标准注入合适的液体。注入时，要注意水面需超过隔板刻度，但不能加得太满，防止液体溢出引发危险 。而且，不同的工作温度范围，对液体介质的选用也有讲究。当工作温度在 -80℃至 80℃时，一般选用纯净水；工作温度在 80 - 90℃时，液体介质通常选用 15% 甘油水溶液；当工作温度在 95℃以上时，需选用油作为液体介质，并且所选择油的开杯闪点值应高于工作温度 15℃以上 。
温度设定是使用恒温水槽的核心操作之一。按 SET 键可设定或查看温度设定点，按一下 SET 键，数码管字符开始闪动，表示仪表进入设定状态，此时按△键设定值增加，按▽键设定值减小，长按△键或▽键数据会快速变动，再一次按 SET 键仪表回到正常工作状态，温度设定完毕 。在设定温度时，要根据实验需求精确设置，例如在细胞培养实验中，通常需要将温度精确设定为 37℃。
如果需要使用循环泵，内循环泵的连接相对简单，将随机配备的软管把出液管与进液管对接即可。外循环泵进行外循环连接时，需将出液管用软管连接在槽外容器进口，将进液管接在槽外容器出口。若工作温度高于 100℃，建议循环泵外接管应采用金属管或硅胶管，以确保安全和循环效果 。在连接循环泵时，要确保连接牢固，避免出现漏水或漏气的情况，影响循环效果和实验进程 。